Po prostu kopiujesz na na bok.

Zależy od routera, ale i tak pewnych limitów nie przeskoczysz  - zwykle nośnik i tak jest szybszy niż router jest w stanie na usb to dać.

Nie bo zgubisz uprawnienia do plików. Uruchom sobie linuksa live z płyty bez instalacji lub postaw sobie na maszynie wirtualnej.

A później wyłącz router, podłącz pendrive do tego linuksa i po prostu jako root skopiuj na bok dane, a z nośnikiem zrób co chcesz.

W tym poście chodzi o dopasowanie logicznych bloków filesystemu do fizycznych bloków dysku. To jest problem stary jak świat, np cała zła opinia dysków AFD i bajki o tym że "OS jest niekompatybilny" pochodzą właśnie z nieuważnego formatowania. Ważne są 2 parametry: wielkość bloku oraz gdzie się zaczyna partycja.
W przypadku AFD producent dokładnie podaje jakie są bloki i jak je ustawiać. W przypadku pendrive producent samego pena nie podaje tej wielkości i musisz szukać specyfikacji u producenta chipa albo eksperymentować. Jak widać zmiana prędkości zapisu jest dramatyczna, więc trudno przeoczyć.
To co jest opisane na blogu można pewnie zrobić na windowsie. Poeksperymentuj  na innym penie : )

Gdyby mi przy zapisie wychodziła 1/3 odczytu to też pewnie olałbym sprawę ale u mnie to 1/8 - 1/10 więc jest o co zawalczyć.

Jeśli to jest na tej samej zasadzie co advanced format w dyskach hdd, to startowy sektor musi być podzielny przez te 128 + wielkość (w sektorach) każdej partycji musi być podzielna przez 128. Kolejne partycje są tworzone zaraz za końcem poprzedniej i nie trzeba tam nic już zmieniać -- liczy się tylko ułożenie tej pierwszej. Z tym, że jeśli masz więcej partycji na penie, np. 5 i masz tam tablicę partycji ms-dos, to trzeba tworzyć partycję rozszerzoną i ją też trzeba wyrównać + równanie każdej partycji logicznej. Przynajmniej takie są zasady w advanced format o ile dobrze pamiętam.

U mnie gparted pod linuxem automatycznie równa do 1MiB (advanced format) i to jest 2048 sektorów -- to się dzieli przez 128. Więc wyrównanie jest w porządku. Choć ja tam nie rozumiem tej magii z "The best way to do this is to use 224 (32*7) heads and 56 (8*7) sectors/track. This produces 12544 (256*49) sectors/cylinder, so every cylinder is 49*128k." ale z tego co się orientuję, to już nikt nie operuje na CHS (cylinder head sector) tylko na LBA . Zresztą jeśli zobaczyć na datę tamtego wpisu, to tam jest 2009, a w informatyce 5 lat to wieczność.

Poza tym, tam jest jeszcze tworzenie systemu plików z opcją

                   stripe_width=stripe-width
                          Configure  the  filesystem  for  a  RAID  array with
                          stripe-width filesystem blocks per stripe.  This  is
                          typically  stride-size * N, where N is the number of
                          data-bearing disks in the  RAID  (e.g.  for  RAID  5
                          there is one parity disk, so N will be the number of
                          disks in the array minus 1).  This allows the  block
                          allocator to prevent read-modify-write of the parity
                          in a RAID stripe if possible when the data is  writ-
                          ten. 

Co ma wspólnego raid z pendrivem to zbytnio nie mam pojęcia. xD

Odrzucając to czego nie wiem i biorąc pod uwagę fakt, że mój pendrive nie wykazał żadnej poprawy, skłaniałbym się raczej do zdania, że narzędzia linuxowe mi poprawnie wyrównały partycje, a u was na windowsach peny są formatowane jakoś inaczej.