ja zrobiłem test gdzie plik md5sums oraz przykładowy plik do sprawdzenia były w jednym katalogu.
root@OpenWrt:/tmp/a# ls -al
drwxr-xr-x 2 root root 80 Feb 12 21:51 .
drwxrwxrwt 18 root root 480 Feb 12 21:50 ..
-rw-r--r-- 1 root root 15567 Feb 12 21:50 md5sums
-rw-r--r-- 1 root root 3670020 Feb 12 21:51 openwrt-15.05-ramips-mt7620-ai-br100-squashfs-sysupgrade.bin
a plik md5sums wygląda tak:
# cat md5sums
...
200b36590b21fdeeba5f41e70cf2199e openwrt-15.05-ramips-mt7620-ai-br100-squashfs-sysupgrade.bin
...
Może wygeneruj sobie plik A.md5 z sumami ale bez tych ścieżek do katalogów do plików. Bo pewnie musiałbyś na routerze zrobić taką samą strukturę katalogów jak miałeś na kompie. Ale swojego ostatniego zdania nie jestem pewien i to tylko moje domysły 
EDIT: Sprawdziłem. Mogą być w pliku A.md5 ścieżki do katalogów/plików ale musi być ta sama struktura np na routerze:
root@OpenWrt:/tmp/a# ls -al
drwxr-xr-x 3 root root 80 Feb 12 22:32 .
drwxrwxrwt 18 root root 480 Feb 12 21:50 ..
drwxr-xr-x 2 root root 60 Feb 12 22:31 b
-rw-r--r-- 1 root root 97 Feb 12 22:33 md5sums
root@OpenWrt:/tmp/a# ls -al b
drwxr-xr-x 2 root root 60 Feb 12 22:31 .
drwxr-xr-x 3 root root 80 Feb 12 22:32 ..
-rw-r--r-- 1 root root 3670020 Feb 12 22:31 openwrt-15.05-ramips-mt7620-ai-br100-squashfs-sysupgrade.bin
root@OpenWrt:/tmp/a# cat md5sums
200b36590b21fdeeba5f41e70cf2199e b/openwrt-15.05-ramips-mt7620-ai-br100-squashfs-sysupgrade.bin
root@OpenWrt:/tmp/a# md5sum -c md5sums
b/openwrt-15.05-ramips-mt7620-ai-br100-squashfs-sysupgrade.bin: OK
Xiaomi AX3000T @ Netgear R6220
* DVBT2 - T230C *