Przeczytałem i 'rpc-whitelist-enabled' zrobiłem wcześniej na false, a później jeszcze w 'rpc-whitelist' dodałem adres zewnętrzny na który się łączę z firmy.
Dziwna sprawa jest taka, że po komendzie:
/etc/init.d/transmission start / stop  w /mnt/ stworzył mi się folder /mnt/sda1/torrenty/konfigruracja z zawartością.
wcześniej był tylko ten /mnt/pen/torrenty/konfiguracja - bez zawartości.

Zawartość settings.json (z tego katalogu sda1)
{
    "alt-speed-down": 50,
    "alt-speed-enabled": false,
    "alt-speed-time-begin": 540,
    "alt-speed-time-day": 127,
    "alt-speed-time-enabled": false,
    "alt-speed-time-end": 1020,
    "alt-speed-up": 50,
    "bind-address-ipv4": "0.0.0.0",
    "bind-address-ipv6": "::",
    "blocklist-enabled": false,
    "blocklist-url": "http://www.example.com/blocklist",
    "cache-size-mb": 2,
    "dht-enabled": true,
    "download-dir": "/mnt/pen/torrenty",
    "download-queue-enabled": true,
    "download-queue-size": 4,
    "encryption": 1,
    "idle-seeding-limit": 30,
    "idle-seeding-limit-enabled": false,
    "incomplete-dir": "/tmp/transmission/incomplete",
    "incomplete-dir-enabled": false,
    "invalid-key": false,
    "lazy-bitfield-enabled": true,
    "lpd-enabled": false,
    "message-level": 1,
    "peer-congestion-algorithm": "",
    "peer-limit-global": 240,
    "peer-limit-per-torrent": 60,
    "peer-port": 51413,
    "peer-port-random-high": 65535,
    "peer-port-random-low": 49152,
    "peer-port-random-on-start": false,
    "peer-socket-tos": "default",
    "pex-enabled": true,
    "port-forwarding-enabled": true,
    "preallocation": 1,
    "prefetch-enabled": 1,
    "queue-stalled-enabled": true,
    "queue-stalled-minutes": 30,
    "ratio-limit": 2,
    "ratio-limit-enabled": false,
    "rename-partial-files": true,
    "rpc-authentication-required": false,
    "rpc-bind-address": "0.0.0.0",
    "rpc-enabled": true,
    "rpc-password": "{9453e8a221dddfc2b45abb1f378d302f46931ffftd.F0fzH",
    "rpc-port": 9091,
    "rpc-url": "/transmission/",
    "rpc-username": "",
    "rpc-whitelist": "127.0.0.1,192.168.1.*",
    "rpc-whitelist-enabled": true,
    "scrape-paused-torrents": true,
    "scrape-paused-torrents-enabled": true,
    "script-torrent-done-enabled": false,
    "script-torrent-done-filename": "",
    "seed-queue-enabled": false,
    "seed-queue-size": 10,
    "speed-limit-down": 100,
    "speed-limit-down-enabled": false,
    "speed-limit-up": 20,
    "speed-limit-up-enabled": false,
    "start-added-torrents": true,
    "trash-original-torrent-files": false,
    "umask": 18,
    "upload-slots-per-torrent": 14,
    "utp-enabled": true,
    "watch-dir-enabled": false
}

No nie wiem - może się mylę, ale najpierw trzeba zatrzymać demona (/etc/init.d/transmission stop), potem wyedytować odpowiednio plik /etc/config/transmission pod swoje potrzeby, i dopiero na końcu wystartować demona ponownie, aby zmiany były trwałe i jednocześnie widoczne w <ścieżka do katalogu na dysku>settings.json. Wygląda tak jakby dopiero wystartował pierwszy raz. Piszesz, że dopiero teraz pojawiła Ci się zawartość w odpowiednim katalogu na penie - czyli dopiero teraz w pełni wystartował, bo owa zawartość właśnie się wtedy tworzy. Po zatrzymaniu demona i tak najpewniej dokonywać zmian w /etc/config/transmission na docelowe, mimo wszystko. Gdybyś dokonał ich w settings.json przy działającym demonie to nie zachowają się. Przy kolejnym starcie wpisze/utworzy taki settings.json jak wskazuje na to /etc/config/transmission. Jak chcesz grzebać w settings.json (bo możesz tylko niektóre opcje) to dopiero jak demon jest na 100 % zatrzymany. Co do adresu, dlaczego tak a nie inaczej, to może Ci coś podpowie Cezary - ale chyba i tak wszystko sprowadza się do zatrzymania najpierw demona, ustawienia konfiguracji w /etc/config/transmission i ponownym włączeniu demona.