Sysupgrade tylko aktualizuje soft we flash, nic nie robi/nie rusza/nie aktualizuje extroota o ile był.
A czy po aktualizacji ruszy z extroota to zależy czy zachowałeś konfigurację i po aktualizacji masz już gotowe konfigi. Oczywiście to co jest na extroocie musisz sam ręcznie zaktualizować, jeżeli robiłeś upgrade z jakiejś starej wersji której binarki masz na pendrive to możliwe że to już nie będzie chciało się uruchomić.