Jednak musiał być błąd w twoim skrypcie.
Nie mogłem go znaleźć więc napisałem moją wersję:

<?php   
     if(!$all) {
                echo "series: [{
                    name: 'Temperatura',
                    data: [";
                    $tekst = file_get_contents('czujniki/'.$id.'.txt');
                    $tablica = explode("],", $tekst);
                    foreach ($tablica as $pomiar) {
                    $nowytekst .= str_replace(",","000,",$pomiar).'],';
                    }
                    echo $nowytekst."
                    type: 'spline',
                    shadow: true,
                    tooltip: {
                        valueDecimals: '1',
                        valueSuffix: '°C'
                    }
                }] ";
            } else {
                echo "series: [";
                    $f = false;
                    foreach($temp as $k => $v) {
                        if(!$v['all']) continue;
                        if($f) echo ",";
                        echo "{
                        name: '".$v['name']."',
                        data: [";
                        $tekst = file_get_contents('czujniki/'.$k.'.txt');
                        $tablica = explode("],", $tekst);
                        foreach ($tablica as $pomiar) {
                        $nowytekst .= str_replace(",","000,",$pomiar)."],";
                        }
                        echo $nowytekst."
                        type: 'spline',
                        shadow: true,
                        tooltip: {
                            valueDecimals: '1',
                            valueSuffix: ' °C'
                            }
                        }";
                        $f = true;
                    }
                echo "] ";
            }
        ?>

Nie wiem co to ma do rzeczy.
Może coś na styl - po co budować quadrocopter samemu wg własnych potrzeb i zmieścić się w 1000pln, jak można kupić phantoma za ponad 3000pln i patrzeć jak sam odlatuje?

U mnie nowy index.php nie działa.
Analizując wyjście widzę serie danych a w nich zera dodane do danych ale mniej więcej do połowy, a potem już nie.
Przez to nie widać wykresu:
http://przeklej.org/file/YfpWFV/zrodlo.txt
Oczywiście dane podstawione  poprawne.
Może to wina stawień php ? Za mało ramu?
A może dlatego, że postawiłem webserwer na uhttpd?
Podoba mi się pomysł ze stanem pieca, też tak sobie zrobię. Nawet już tak mam, bo u mnie Integra zarządza ogrzewaniem i mam dostęp do danych o załączeniu/wylączeniu

@bbarwik, pomysł rozwiązania świetny, faktycznie Twój wykres ładuje się znacznie szybciej.
Zrobiłem test u siebie i podobnie jak u kolegów wystąpiły problemy, choć nieco inne niż w/w. Dodam że do testów wykasowałem wszystkie odczyty z plików 0 - 5.txt i test oparty jest jedynie na nowo wygenerowanych odczytach (bez 000 na końcu).
Co zauważyłem że jest nie tak:
- nie zgadza się data i godzina (w index.php przed zmianami było ok), również przedział czasowy na wykresie pomiędzy odczytami się nie zgadza?, u Ciebie jest 10 min, u mnie różnie co 1 sek. 1 min 7 min
- zmiany te zrobiłem 25.11 wieczorem i w tym dniu sprawdzałem kilka razy i moje wykresy działały, z błędami jak powyżej ale działały
- nie zmieniając nic chciałem zobaczyć wykresy następnego dnia tj. 26.11 i strona otwierała się, było wszystko poza liniami (odczytami) temperatury. Wyświetlając źródło strony zauważyłem że wartości odczytów były rozjechane, początkowe były dobrze później już nie
- na potrzeby pokazania tego co jest obecnie, ponownie wykasowałem odczyty z plików 0-5.txt  wykres tutaj http://modyfikacje.ezua.com/meteo/

Na koniec moja konfiguracja
- nie użyłem pliku piec.php (chyba nie jest konieczny ? na razie nie wykorzystam tej opcji, zresztą do końca nie wiem jak to zastosować)
- index.php nowa Twoja wersja, jedynie nazwy swoje wstawiłem
- meteo.php (użyłem swój, bez opcji pieca) usuwając jedynie 000

<?php
    $path = "/meteo/dane/"; // Sciezka gdzie bedzie zapisywalo dane, domyslnie /www/meteo/
    system("digitemp_DS9097U -s /dev/ttyUSB0 -a -i > meteo2.txt && mv meteo2.txt meteo.txt");
    ini_set( 'date.timezone', 'Europe/Berlin' );
    $a = array();
    $e = explode("Sensor ",file_get_contents("meteo.txt")); unset($e[0]);
    foreach($e as $v) {
        $e1 = explode(" ",$v);
        $id = $e1[0]; // Id Termometra
        $temp = $e1[2]; // Temperatura na termometrze
        if(file_exists($path.$id.".txt"))
            file_put_contents($path.$id.".txt",",[".time(NULL).",".$temp."]",FILE_APPEND);
        else
            file_put_contents($path.$id.".txt","[".time(NULL).",".$temp."]",FILE_APPEND);        
        $a[($id)] = $temp;
    }
    file_put_contents($path."last.txt",serialize($a)); // ostatnie dane
?>

- ustawiania w cron co 1 minutę */1 * * * * /usr/bin/php-cli /meteo/meteo.php
- serwer Lighttpd i Fastcgi, TL-WDR4300, GG 1.5.11.4

Krynio

Zrobię jutro, najpierw chcę zobaczyć czy po upływie czasu do jutra znowu wykres się wysypie i w jakiej postaci będą zapisane odczyty. Dziś za szybko to wykasowałem.

Edycja, stan wykresu sprawdzony następnego dnia.

Po upływie kilkunastu godzin sytuacja się powtórzyła. Wykres widać lecz bez linii wskazujących temperaturę. Sprawdzając w źródle strony widać że po pewnym czasie odczyty błędnie się dopisują, bez 000 co widać poniżej.

...[1417042268000,41.56],[1417042328000,41.56],[1417042388,41.50],[1417042448,41.50]...

Po dopisaniu 000 o których piszesz w poście 185 wykres & linie wskazujące temperaturę pokazują się prawidłowo. Również po tym zabiegu data na wykresie jest już dobra. Pozostaje do poprawy temat przedziału czasowego odczytów pokazywanych na wykresie. Chyba że autor tak skonstruował nowy index.php że do prawidłowego wyświetlania czasu i jego przedziałów potrzeba jest niezbędna minimalna ilość X odczytów (której moja baza nie zawiera), w stosunku do zmiennych Y widocznych poniżej.
Kombinowałem ze zmianami np.

$limit_after = 100; // po ilu pomiarach zacznie zmieniac dokladnosc
$max_res = 200; // ile pomiarow maksymalnie wyswietli

i były widoczne zmiany w wyświetlaniu przedziałów czasowych pomiędzy odczytami, jednak nie uzyskałem efektu zgodnego z założeniem autora, a to co było np. tak się wyświetlało, pierwsze przedziały co 7 min końcowe co 1 min. itp.
No ale nie ma co narzekać jest progres i pewnie będzie dobrze

Krynio

@Cezary sposób dobry tyle że nie da się w konsoli wkleić na raz wszystkich odczytów. W każdym z 6 plików jest ich 46200, podmiana po kawałku zajmie mi pokolenia.

@xury dzięki za linka ale napisz jeszcze jak to użyć. Z góry przepraszam za niewiedzę.

Kopiujesz skrypt np. do notepad++
zapisujesz jako np. tnijzera.php do tego samego katalogu co dane z czujników
Odpalasz przez przeglądarkę lub przez basha np.
php-cli /www1/tnijzera.php

Co do sposobu Cezarego to np:

cat /www1/0.txt | sed 's/000,\([0-9]\)/,\1/g' > nowe0.txt 

Można znacznie łatwiej ale nie tak linuxowo.
Połączyć się przez winscp ( lub podobnym) w edytorze tekstowym otworzy plik i w edycja - znajdź/zamień zmienić "000," na ","

Fuuuuuuuuuu.

Może, i ciąg trzech zer występować gdzie indziej, ale na pewno nie ciąg trzech zer z przecinkiem "000,"

Nie rozumiem... przecież o tym piszę właśnie. Kłania się czytanie ze zrozumieniem