Faktycznie, sytuacja jest trochę skomplikowana. Ale czy każdy z interfejsów zewnętrznych musi być w oddzielnej strefie? O ile wiem, to strefy określają tylko zasady dla iptables, a nie routing, a zasady te powinny być jednakowe dla każdego z interfejsów typu WAN.
Ja mam taką konfigurację, że są dwa wyjścia do internetu i oba zapisałem do strefy WAN, żeby nie powielać konfiguracji.

Prawdopodobnie w twojej sieci reguły dla każdej strefy (w2, w3, wl0) są jednakowe. Czy możesz je zastąpić jedną, standardową strefą wan i zastosować ją do wszystkich interfejsów wanowych? Wydaje mi się, że mwan nie ma konkretnych wymogów co do stref. On tylko zapewnia odpowiedni routing, a filtry, NATy itp. już go nie dotyczą.